Năm 1962, Trần Lệ Xuân bị một người phụ nữ bắn trúng vai trái tại Ðà Lạt. Vụ nổ súng vào Trần Lệ Xuân được thông báo ngay về văn phòng cố vấn chính trị phủ tổng thống. Bà Xuân được một máy bay đặc biệt lên Đà Lạt chở sang Manila (Philippines) để cứu chữa tại một bệnh viện hiện đại của Mỹ. Ngay hôm sau, ông Nhu được cấp dưới mật báo đầy đủ về chuyện người bắn bà Xuân chính là vợ của tướng Trần Văn Đôn, và đây là một vụ đánh ghen nhằm trả đũa việc bà Xuân ngoại tình với tướng Đôn. Ngô Đình Cẩn biết tin nói: "Các anh không nhớ lúc mới cưới chị Xuân về, anh cả tổng đốc Ngô Đình Khôi xem tướng đã nói: "Thứ đàn bà này rồi về sau phá hại cả họ Ngô cho mà coi." Giờ nên cơ sự như này, chẳng lẽ chịu thua à?" Nhưng rồi ông Nhu vẫn bỏ qua tất cả, đánh điện gọi vợ về.[31][32]

Về sau, bà Trần Lệ Xuân được cho là đã dùng thân xác để đổi lấy việc ký giả Colegrowe viết bài ủng hộ cho chế độ Ngô Đình Diệm. Ông Nhu biết việc này, nhưng ông cũng không khỏi thắc mắc là có phải Trần Lệ Xuân làm việc này vì công việc chung của gia đình hay là do bản thân bà muốn thỏa mãn dục vọng của bản thân.[33][cần nguồn tốt hơn]